El Bosque Petrificado de Puyango, se ubica en la región Sur del Ecuador, en los cantones Las Lajas de la Provincia de El Oro y Alamor de la provincia de Loja, separados por el río Puyango, que también es límite provincial.

Está limitado al norte por la cordillera de Los Andes y al oeste por la cordillera de Amotape – Tahuín.

La topografía del área es irregular, la menor altitud es la del cauce del río Puyango con cotas de 300 a 280 m.s.n.m. En el sector correspondiente a la Provincia de Loja está la cota más alta del bosque, que corresponde al Cerro Chirimoyo con 1.173 m.s.n.m, en el sector de la Provincia de El Oro la cota mas alta es la del Cerro Banco de Ceibo con 741 m.s.n.m.